Ζωτικής σημασίας για το πανέμορφο νησάκι της Χρυσής, στα νότια της Ιεράπετρας, αποδεικνύεται το σχέδιο δράσης για την προστασία του, το οποίο θέτει όρια στη μαζική αποβίβαση τουριστών, επιτρέπει τη χρήση των παραλιών στους λουόμενους και αποτρέπει τους επισκέπτες από την πρόσβαση και παραμονή εντός του ευαίσθητου δασικού οικοσυστήματός του.
Όπως αναφέρουν οι επιστήμονες του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, η μείωση των τουριστών, μέσω του προγράμματος προστασίας του νησιού Χρυσή, τα τελευταία χρόνια, έχει επιτρέψει στην αυτόχθονη βλάστηση να αρχίσει δειλά-δειλά να επανακάμπτει.
Έτσι, οι πολυετείς θάμνοι όπως οι Ανωνιδιές της άμμου (𝘖𝘯𝘰𝘯𝘪𝘴 𝘵𝘢𝘭𝘢𝘷𝘦𝘳𝘢𝘦) εποικίζουν ξανά την αμμώδη παραλία και είναι ιδιαίτερα σημαντικοί για την συγκράτηση και στήριξη της άμμου και κατά συνέπεια τη μείωση της διάβρωσης, από την οποία υποφέρει το νησί.
Παράλληλα, οι Ποταμοσφυριχτές (Charadrius dubius), είδος που μειώνεται έως τοπικά εξαφανίζεται από τις παραλίες της Κρήτης, λόγω της διαχείρισης των ακτών και των αμμοθινών, βρήκαν χώρο για να αναπαραχθούν.
Εν αναμονή των βασικών συμπερασμάτων από την εφαρμογή του σχεδίου δράσης για την προστασία του νησιού, οι πρώτες ενδείξεις είναι θετικές και γενούν αισιοδοξία για την επιβίωση ενός επίγειου παραδείσου, που από την μαζική και χωρίς όρια και κανόνες παρουσία τουριστών βρίσκεται σε μεγάλο κίνδυνο.
Το σχέδιο δράσης, με ισχύ νόμου του κράτους, αποσκοπεί- με συνεργασίες και προγραμματικές συμβάσεις- να αποκαταστήσει τις συνθήκες νομιμότητας, τη βιωσιμότητα και διατήρηση του σπάνιου οικότοπου και να θέσει τις βάσεις για την αρμονική συνύπαρξη επισκεπτών και φύσης, στο πλαίσιο μιας βιώσιμης ανάπτυξης.
Το νησάκι έχει τεθεί υπό αυστηρό καθεστώς προστασίας λόγω των φυσικών του χαρακτηριστικών, της σπάνιας χλωρίδας και του αρχαιολογικού του ενδιαφέροντος που το καθιστούν μοναδικό αλλά, ταυτόχρονα, ευάλωτο στην αλόγιστη εκμετάλλευση. Η εντατική πίεση που ασκείται στο οικοσύστημα, ιδιαίτερα κατά τη θερινή περίοδο, σε συνδυασμό με τις δυσμενείς συνθήκες της κλιματικής αλλαγής έχουν οδηγήσει όλες τις περιβαλλοντικές διαδικασίες στο νησί σε υποβάθμιση, γεγονός το οποίο, όπως αναφέρεται στον ιστότοπο της Αποκεντρωμένης Διοίκησης Κρήτης, ίσως είναι μη αναστρέψιμο με φυσικό τρόπο (αναγέννηση, αναβλάστηση, αποκατάσταση).
Η Χρυσή προστατεύεται από το ισχύον θεσμικό πλαίσιο, καθώς συμπεριλαμβάνεται με το γειτονικό Μικρονήσι, ως Ειδική Ζώνη Διατήρησης, στο δίκτυο Natura 2000. Επίσης, είναι κηρυγμένη ως Αρχαιολογικός χώρος, Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους, Καταφύγιο Άγριας Ζωής και, Αναδασωτέα έκταση. Η βοσκή αιγών, προβάτων και μεγάλων ζώων καθώς και η υλοτομία δασικών θάμνων και δένδρων απαγορεύονται με δασικές αστυνομικές διατάξεις, ενώ η «Αλυκή Χρυσής» προστατεύεται με Προεδρικό Διάταγμα ως μικρός νησιωτικός υγρότοπος.